标题:基于全基因组序列对新型H7N9禽流感病毒进化率评估
作者:黄萍;王美霞;袁满琼
作者机构:[黄萍] 山东大学齐鲁医院, 济南, 山东 250012, 中国.;[王美霞] 厦门大学公共卫生学院,中国.;[袁满琼] 厦门大学公共卫生学院,中国 更多
来源:中国公共卫生
出版年:2018
卷:34
期:3
页码:396-400
关键词:分子时钟; 蒙特卡罗马尔科夫链(MCMC)模型; 进化率
摘要:目的基于新型H7N9禽流感病毒的全基因组序列,估算该病毒8个基因结构区及整体的进化率,为进一步探索H7N9的进化机制提供理论支持。方法选取全球共 享禽流感数据倡议组织(GISAID)中以人类为宿主的H7N9病毒基因序列,同时合并与新型H7N9的6个内部基因结构区具有高度同源性的H9N2序列 ;采用Bio Edit 7.0软件进行多序列比对, MEGA 6.06建立系统发育树;利用Path-o-gen软件初步估算进化率,并以此作为先验信息,基于分子时钟和蒙特卡罗马尔科夫链(MCMC)模型进一步估 算H7N9各基因结构区的进化率。结果进化率结果表明H7N9禽流感病毒进化快,全基因进化率为4.60 * 10~(-3)次/位点/年(95 % CI = 3.94 * 10~(-3)~5.40 * 10~(-3)),血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)具有较快的进化率,分别为7.43 * 10~(-3)和5.92 * 10~(-3)次/位点/年,聚合酶A(PA)、聚合酶B1(PB1)和聚合酶B2(PB2)进化速度也相对较其他基因片段快。结论H7N9病毒进化速度 快,急需建立一个有效长期的流感病毒监测制度。
收录类别:CSCD
资源类型:期刊论文
原文链接:http://kns.cnki.net/kns/detail/detail.aspx?FileName=ZGGW201803022&DbName=CJFQPREP
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